近年來，農村沼氣事業發展很快，但一些農民對它的了解還不夠，因而在建設及使用中出現了一些誤區，影響了沼氣效益的發揮。現列舉一些現象供用戶參考。
沼氣壓力越高越好，壓力高就是沼氣多
目前我國農村多為水壓式沼氣池，國家標準規定其最大承受壓力為8～12千帕，超過12千帕就有撐壞沼氣池的危險。要避免壓力過高，在建池時就應注意：進出料管不要插得過低，以池墻中部偏下為好；水壓間容積不能過小，一般其有效容積要約等于主池容積的15%。水壓間溢糞口不要留得過高，當沼氣池壓力升到10千帕時開始溢糞，此時壓力將不再升高。如果達到11千帕時還不溢糞，說明溢糞口偏高。
沼氣池修得越大越好
據了解，最近修10立方米沼氣池的農戶明顯多于修8立方米池的農戶。其實，一般3～5口之家修個8立方米的沼氣池就足夠用了。修大了既占地方又浪費建池材料，還增加了投資成本。8立方米的沼氣池只要加強管理，進料適當，保溫和攪拌工作做好了，其效果不比10立方米池差。
抽過渣后，沼氣池壓力上升緩慢，感覺沒有新池好用了
抽渣時把池內壓力抽成了負壓，池內成了真空。這樣就會造成池內粉刷層脫落、密封性變差，甚至導致沼氣池泄漏，造成很難挽回的損失。因此，從水壓間往外抽渣或取沼液時，一定要看好壓力表，氣壓下降至1千帕時就應停止抽取。如果確需繼續抽取，就要拔掉輸氣管，讓空氣進入沼氣池，以防池內變成真空。
當沼氣中混入大量空氣時，脫硫器突然軟化、變形、爆裂甚至起火，誤認為是脫硫器有問題
剛大換料的沼氣池、抽渣時進了空氣的沼氣池，以及新啟動的沼氣池，所產沼氣中都混有大量空氣。脫硫劑，特別是使用過的脫硫劑，遇到大量空氣就會發生反應，產生300℃以上的高溫，從而燒壞脫硫器外殼。所以使用脫硫器要等沼氣池正常運行一周后再用。發現脫硫器外殼發熱，就要暫時停止使用，或將脫硫器中的脫硫劑倒出，讓它在空氣中充分再生后，裝好再用。
裝料越多產氣越多
一次性進料過多，會造成沼氣池有氣點不著火的現象。戶用池一次加濕糞50~75公斤比較合適。生產沼氣是一個依靠微生物細菌進行厭氧消化的過程，厭氧細菌占不到足夠的比例就產不了沼氣。特別是冬春季節，氣溫偏低時，細菌繁殖緩慢，沼氣池消化能力差，進料更應精心。平時應根據用氣情況進料，只要所產沼氣能夠滿足需要就不要再進。
凈化器中的脫硫劑長期不作更換和再生處理
一些項目戶在凈化器裝上后使用了幾年，不將其中的脫硫劑倒出來晾一晾進行再生處理，造成一些凈化器起不到凈化的作用，甚至脫硫劑結塊堵塞管路，做飯時常放出嗆人的臭味。未經脫硫凈化的沼氣，一是容易損壞灶具，二是燃燒后放出的含硫氣體嚴重危害人體健康。所以凈化器中的脫硫劑每隔3~6個月就要倒出來晾一下，使脫硫劑由黑變黃后再繼續使用，若不能變黃了就要更換新料，否則起不到脫硫的作用。